El territorio del municipio esta surcado por dos ríos principales: el Suárez y el Chiquinquirá; El río Suárez nace en la laguna de Fúquene en el límite entre Boyacá y Cundinamarca; atraviesa el municipio de San Miguel de Sema, el valle de Chiquinquirá en donde recibe el río del mismo nombre, el municipio de Saboyá, penetrando luego en territorio del departamento de Santander, para desembocar en el río Chicamocha, que a su vez desemboca en el Magdalena. El río Chiquinquirá nace en el vecino municipio de Caldas, es el encargado de recibir las aguas negras del municipio y es uno de los tributarios del río Suárez, desembocando en jurisdicción del municipio

Clima

Según el Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales (IDEAM), las precipitaciones sobre el territorio del municipio de Chiquinquira oscilan en el rango de 1000 a 1500 mm al año, con una precipitación mensual entre 83,3 a 125 mm al mes Tiene entre 150 a 200 días con lluvia al año La temperatura promedio anual oscila entre los 12 a 18 grados y como clima muy frío seco dentro de la clasificación climática de Holdridge. En la estación del IDEAM en inmediación al área urbana del municipio, llamada esclusa Tolon, ubicada a 2545 msnm el registro promedio es de una precipitación de 990 mm anuales, una temperatura media de 12,9 °C, una máxima de 19,3 °C y una mínima de 7,4 °C.